Die Fleisch- und Geflügelfleischhygieneüberwachung erstreckt sich auf amtliche, unabhängige Kontrollen der Schweine-, Rind-, Kalb- und Geflügelfleischproduktion vor und nach der Schlachtung.

Die Kontrolle innerhalb der Lebensmittelkette beginnt beim Schlachtgeflügel bereits im Herkunftsbetrieb, bei den übrigen Schlachttieren bei der Anlieferung des Lebendviehs am Schlachthof und reicht bis zur Ladentheke ("from the stable to the table"), ist also eine wesentliche Aufgabe im gesundheitlichen Verbraucherschutz. 

Die Arbeit im Bereich Fleischhygiene/Geflügelfleischhygiene beinhaltet insbesondere die

• Untersuchung von Tieren vor und nach der Schlachtung,
  
• Durchführung weiterführender Untersuchungen geschlachteter Tiere (Trichinen, Fleischqualität),
• Untersuchung auf gesundheitliche Unbedenklichkeit für den Verbraucher (mikrobiologische Risiken, Rückstände),
  
• Entnahme von Proben zur BSE-Untersuchung bei Normalschlachtung bei Rindern im Alter von über 72 Monaten und bei Notschlachtungen bei Rindern im Alter von über 48 Monaten, 
  
• Hygieneüberwachung von Schlachtbetrieben und Zerlegebetrieben einschließlich der Kontrolle der betrieblichen Eigenkontrollmaßnahmen,
  
• Überwachung der unschädlichen Beseitigung von untauglichem Fleisch / des Verkehrs mit tierischen Nebenprodukten,
  
• Ausstellung der für den Handelsverkehr mit Fleisch/-erzeugnissen sowie mit Geflügelfleisch/-erzeugnissen erforderlichen Genusstauglichkeitsbescheinigungen und sonstiger amtlicher Atteste,
  
• Organisation und Überwachung der amtlichen Schlachttier- und Fleischuntersuchung bei Hausschlachtungen, in Gehegewildhaltungen und bei landwirtschaftlichen Direktvermarktern,
  
• Amtliche Probenentnahme,
  
• Vorbereitung der Zulassung und laufende Überwachung der Schlacht-, Zerlege- und Verarbeitungsbetriebe sowie der Kühl-/Gefrierhäuser für den Handelsverkehr mit frischem Fleisch/-erzeugnissen und Geflügelfleisch/-erzeugnissen,
  
• Stellungnahme und Beratung von Betrieben bei Neu-/Umbauprojekten,
  
• Überwachung der Einfuhr von Fleisch,
  
• Information der Verbraucher über das EU-Schnellwarnsystem, bei Feststellung gesundheitsgefährdender Belastungen im Fleisch/Geflügelfleisch.